Microbiome eDNA preservation study using sediment samples from Crete (16S rRNA)

Événement déchantillonnage
Dernière version Publié par Hellenic Center for Marine Research le juil. 9, 2026 Hellenic Center for Marine Research
Date de publication:
9 juillet 2026
Licence:
CC-BY 4.0

Téléchargez la dernière version de la ressource en tant quArchive Darwin Core (DwC-A), ou les métadonnées de la ressource au format EML ou RTF :

Données sous forme de fichier DwC-A (zip) télécharger 19 enregistrements dans Anglais (4 MB) - Fréquence de mise à jour: non planifié
Métadonnées sous forme de fichier EML télécharger dans Anglais (13 KB)
Métadonnées sous forme de fichier RTF télécharger dans Anglais (9 KB)

Description

Comparison of the impact of different preservatives and storage conditions in the marine microbial communities (sediment). -This dataset is part of the same Microbiome eDNA preservation study for 16S rRNA and 18S rRNA.Links for each dataset of the project-> eDNA 16S water: https://ipt.medobis.eu/resource?r=edna-16s-water, eDNA 16S sediment: https://ipt.medobis.eu/resource?r=edna, eDNA 18S water:https://ipt.medobis.eu/resource?r=edna-18s-water, eDNA 18S sediment:https://ipt.medobis.eu/resource?r=edna-18s-sediment -

Enregistrements de données

Les données de cette ressource données d'échantillonnage ont été publiées sous forme dune Archive Darwin Core (Darwin Core Archive ou DwC-A), le format standard pour partager des données de biodiversité en tant quensemble dun ou plusieurs tableurs de données. Le tableur de données du cœur de standard (core) contient 19 enregistrements.

2 tableurs de données dextension existent également. Un enregistrement dextension fournit des informations supplémentaires sur un enregistrement du cœur de standard (core). Le nombre denregistrements dans chaque tableur de données dextension est illustré ci-dessous.

Event (noyau)
19
dnaDerivedData 
73387
Occurrence 
73387

Cet IPT archive les données et sert donc de dépôt de données. Les données et métadonnées de la ressource sont disponibles pour téléchargement dans la section téléchargements. Le tableau des versions liste les autres versions de chaque ressource rendues disponibles de façon publique et permet de tracer les modifications apportées à la ressource au fil du temps.

Versions

Le tableau ci-dessous naffiche que les versions publiées de la ressource accessibles publiquement.

Comment citer

Les chercheurs doivent citer cette ressource comme suit:

Pavloudi C, Stavroulaki M, Santi I (2026). Microbiome eDNA preservation study using sediment samples from Crete (16S rRNA). Version 1.3. Hellenic Center for Marine Research. Samplingevent dataset. https://ipt.medobis.eu/resource?r=edna&v=1.3

Droits

Les chercheurs doivent respecter la déclaration de droits suivante:

L’éditeur et détenteur des droits de cette ressource est Hellenic Center for Marine Research. Ce travail est sous licence Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0.

Enregistrement GBIF

Cette ressource na pas été enregistrée sur le portail GBIF

Mots-clé

Bacteria; Eukaryota; 16S rRNA; 18S rRNA; preservative; DESS; DNA/RNA shield; seawater; sediment; Other

Données externes

Les données de la ressource sont disponibles dans dautres formats

Best Practices to preserve marine samples microbiome community prior DNA extraction https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB108325 ASCII Fastq

Contacts

Christina Pavloudi
  • Fournisseur Des Métadonnées ●
  • Créateur ●
  • Personne De Contact
  • Data scientist
European Marine Biological Resource Centre (EMBRC-ERIC)
FR
Melanthia Stavroulaki
  • Créateur
  • Research fellow at IMBBC, National Communication Officer for EMBRC Operational, Contact for EMO BON (GR)
HCMR-IMBBC
GR
Ioulia Santi
  • Créateur ●
  • Personne De Contact
  • Observation, Data and Service Development Officer
European Marine Biological Resource Centre (EMBRC-ERIC)
GR
Melina Loulakaki
  • Conservateur
  • Computer scientist
HCMR-IMBBC
GR

Couverture géographique

South West [35.334891 N, 25.278761 E], North East [35.346621 N, 25.282741 E]

Enveloppe géographique Sud Ouest [35,333, 25,253], Nord Est [35,347, 25,3]

Couverture taxonomique

Bacteria, Eukaryota

Kingdom Bacteria, Eukaryota

Couverture temporelle

Date de début 2021-03-29

Données sur le projet

The core mission of the DTO-BioFlow Project is to unlock those “sleeping” biodiversity data enabling the sustained flow of these and new data via primary integrators and EMODnet into the EU Digital Twin Ocean. It will create a digital replica of marine biological processes transforming new and existing data flows into evidence-based knowledge. The project aligns with the EU's Biodiversity Strategy and Nature Restoration Law and with the mission "Restore our oceans and waters by 2030", both of which advocate for the protection and restoration of land and sea regions.

Titre DTO-BioFlow: Integration of biodiversity monitoring data into the Digital Twin Ocean
Identifiant Subsidy agreement ID 101112823
Financement This work used resources provided by the European Marine Omics Biodiversity Observation Network (EMO BON) project, coordinated by the European Marine Biological Resource Centre - European Research Infrastructure Consortium (EMBRC-ERIC).
Description du domaine détude / de recherche Samples were collected at the EMO BON observatory HCMR-1 (Aegean Sea, Greece).

Les personnes impliquées dans le projet:

Christina Pavloudi

Métadonnées additionnelles

Identifiants alternatifs https://ipt.medobis.eu/resource?r=edna