Microbiome eDNA preservation study using sediment samples from Crete (16S rRNA)

Отбор проб
Последняя версия опубликовано Hellenic Center for Marine Research июл. 9, 2026 Hellenic Center for Marine Research
Дата публикации:
9 июля 2026 г.
Опубликовано:
Hellenic Center for Marine Research
Лицензия:
CC-BY 4.0

Скачайте последнюю версию данных этого ресурса в формате Darwin Core Archive (DwC-A) или метаданных ресурса в форматах EML или RTF:

Данные в формате DwC-A Скачать 19 Записи в English (4 MB) - Частота обновления: не планируется
Метаданные в формате EML Скачать в English (13 KB)
Метаданные в формате RTF Скачать в English (9 KB)

Описание

Comparison of the impact of different preservatives and storage conditions in the marine microbial communities (sediment). -This dataset is part of the same Microbiome eDNA preservation study for 16S rRNA and 18S rRNA.Links for each dataset of the project-> eDNA 16S water: https://ipt.medobis.eu/resource?r=edna-16s-water, eDNA 16S sediment: https://ipt.medobis.eu/resource?r=edna, eDNA 18S water:https://ipt.medobis.eu/resource?r=edna-18s-water, eDNA 18S sediment:https://ipt.medobis.eu/resource?r=edna-18s-sediment -

Записи данных

Данные этого событие отбора проб ресурса были опубликованы в виде Darwin Core Archive (DwC-A), который является стандартным форматом для обмена данными о биоразнообразии в виде набора из одной или нескольких таблиц. Основная таблица данных содержит 19 записей.

Также в наличии 2 таблиц с данными расширений. Записи расширений содержат дополнительную информацию об основной записи. Число записей в каждой таблице данных расширения показано ниже.

Event (core)
19
dnaDerivedData 
73387
Occurrence 
73387

Данный экземпляр IPT архивирует данные и таким образом служит хранилищем данных. Данные и метаданные ресурсов доступны для скачивания в разделе Загрузки. В таблице версий перечислены другие версии ресурса, которые были доступны публично, что позволяет отслеживать изменения, внесенные в ресурс с течением времени.

Версии

В таблице ниже указаны только опубликованные версии ресурса, которые доступны для свободного скачивания.

Как оформить ссылку

Исследователи должны дать ссылку на эту работу следующим образом:

Pavloudi C, Stavroulaki M, Santi I (2026). Microbiome eDNA preservation study using sediment samples from Crete (16S rRNA). Version 1.3. Hellenic Center for Marine Research. Samplingevent dataset. https://ipt.medobis.eu/resource?r=edna&v=1.3

Права

Исследователи должны соблюдать следующие права:

Публикующей организацией и владельцем прав на данную работу является Hellenic Center for Marine Research. Эта работа находится под лицензией Creative Commons Attribution (CC-BY 4.0).

Регистрация в GBIF

Этот ресурс не был зарегистрирован в GBIF

Ключевые слова

Bacteria; Eukaryota; 16S rRNA; 18S rRNA; preservative; DESS; DNA/RNA shield; seawater; sediment; Other

Внешние данные

Ресурс также доступен в других форматах

Best Practices to preserve marine samples microbiome community prior DNA extraction https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB108325 ASCII Fastq

Контакты

Christina Pavloudi
  • Metadata Provider ●
  • Originator ●
  • Point Of Contact
  • Data scientist
European Marine Biological Resource Centre (EMBRC-ERIC)
FR
Melanthia Stavroulaki
  • Originator
  • Research fellow at IMBBC, National Communication Officer for EMBRC Operational, Contact for EMO BON (GR)
HCMR-IMBBC
GR
Ioulia Santi
  • Originator ●
  • Point Of Contact
  • Observation, Data and Service Development Officer
European Marine Biological Resource Centre (EMBRC-ERIC)
GR
Melina Loulakaki
  • Curator
  • Computer scientist
HCMR-IMBBC
GR

Географический охват

South West [35.334891 N, 25.278761 E], North East [35.346621 N, 25.282741 E]

Ограничивающие координаты Юг Запад [35,333, 25,253], Север Восток [35,347, 25,3]

Таксономический охват

Bacteria, Eukaryota

Kingdom Bacteria, Eukaryota

Временной охват

Дата начала 2021-03-29

Данные проекта

The core mission of the DTO-BioFlow Project is to unlock those “sleeping” biodiversity data enabling the sustained flow of these and new data via primary integrators and EMODnet into the EU Digital Twin Ocean. It will create a digital replica of marine biological processes transforming new and existing data flows into evidence-based knowledge. The project aligns with the EU's Biodiversity Strategy and Nature Restoration Law and with the mission "Restore our oceans and waters by 2030", both of which advocate for the protection and restoration of land and sea regions.

Название DTO-BioFlow: Integration of biodiversity monitoring data into the Digital Twin Ocean
Идентификатор Subsidy agreement ID 101112823
Финансирование This work used resources provided by the European Marine Omics Biodiversity Observation Network (EMO BON) project, coordinated by the European Marine Biological Resource Centre - European Research Infrastructure Consortium (EMBRC-ERIC).
Описание района исследования Samples were collected at the EMO BON observatory HCMR-1 (Aegean Sea, Greece).

Исполнители проекта:

Christina Pavloudi

Дополнительные метаданные

Альтернативные идентификаторы https://ipt.medobis.eu/resource?r=edna